目前，内江及全省特色种植业、养殖业的发展已跨越了起步阶段，具备了良好的产业基础和企业平台，但是也存在着明显的不足，制约了特色农业产业升级，主要体现在：

⑴科技攻关滞后，特色农产品品质退化严重。有的优质农产品已失去它的传统地位，优势地位难保，内江地区塔罗科血橙、柠檬、指天椒的品种退化严重，“人类第二面包”马铃薯的脱毒复壮已被列为我省马铃薯产业发展的首要问题。

⑵地方名优特品种虽然具有资源优势，但缺乏开发平台，新品种来源有限。尽管内江市水产养殖产量位居全省前茅，但品种单调，缺乏可持续发展能力。如沱江流域具有极高营养价值和经济价值的花鳅（宽体沙鳅），售价高达200元/斤，至今没有开发。

⑶缺乏工厂化规模生产技术，制约了药材、花卉产业的发展。内江市确定的优先发展的铁皮石斛、彩色马蹄莲产业，尚未实现规模化种植。如彩色马蹄莲、铁皮石斛的附加值很高，在省内还未开展相应的组培快繁研究。

⑷种养殖产业仍然以传统模式为主，附加值低，取得绿色认证的很少，生态种养殖新技术亟待研究推广。

⑸采后保鲜、分级、贮藏、运输、货架寿命及反季节鲜销等的系统研究还是空白，产量较高的塔罗科血橙、柠檬、指天椒的采收期、销售期集中，当务之急是通过产品冷贮实现分期销售，提高商品价值。